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De onde você é?

You are asking literally: Of where you are?; but the correct translation is of course: Where are you from?

De onde você é? & Você é de onde?

These two variations are the most common. They mean exactly the same thing.

Variations

De onde você e? Where are you from?

De onde você é mesmo? Where are you from again?

De qual cidade você é? Which city are you from?

De que país você é? What country are from?

De qual país você é? Which country are you from?